肽-載體蛋白偶聯多用于制備抗多肽類抗體，單獨的多肽通常太小不足以激起充分的免疫反應，而帶有很多抗原表位的載體蛋白有利于刺激輔助性T細胞，進一步誘導B細胞免疫反應。
請記住，免疫系統是將肽-蛋白作為一個整體來激起免疫反應的，因而產生的抗體中有針對多肽的，有針對鏈接劑的，也有針對載體蛋白的。 其中最常見的載體蛋白有如下幾種：
1、KLH (Keyhole Limpet Hemocyanin)，即血藍蛋白，是在某些軟體動物、節肢動物(蜘蛛和甲殼蟲)的血淋巴中發現的一種游離的藍色呼吸色素。血藍蛋白含兩個直接連接多肽鏈的銅離子，與含鐵的血紅蛋白類似，它易于氧結合，也易與氧解離，是已知的惟一可與氧可逆結合的銅蛋白，氧化時呈青綠色，還原時呈白色。其分子量450000～130 000。由于KLH比BSA有更高的免疫原性，因而是最常被選用的載體蛋白。
2、BSA (Bovine Serum Albumin)，即牛血清白蛋白，屬于最穩定的和可溶的白蛋白。其分子量為67 x 103 Da （含有59個Lys）。大約有30-35個主要氨基可用于與鏈接劑發生共軛反應, 使得BSA成為一種很流行的弱抗原化合物載體蛋白。BSA的不利之處在于在很多實驗中，它被當作封閉劑使用，如果多肽-BSA偶聯物的抗血清用于這樣的檢測分析中，通常會出現假陽性，因為這些血清含有抗BSA的抗體。
3、OVA (Ovalbumin)，即雞卵白蛋白，分子量為45 x 103 Da。它可作為第二載體蛋白去驗證抗體是否特異性地只針對多肽而并非載體蛋白(如BSA)。
一般來說，多肽可以與蛋白偶聯的條件如下：
◆ Cys上的巰基（-SH）可以進行偶聯反應(推薦)
◆ 或擁有一個游離的氨基或羧基
