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蛋白質組學研究已經進入到定量分析及功能蛋白質組研究階段，穩定同位素標記（stable-isotope labeling, SIL）與LC/MS結合使用來進行蛋白質定量，開辟了定量蛋白質組學的一個新技術平臺。與傳統的定量方法相比，穩定同位素標記技術在定量準確度和規?；糠治龇矫娑加泻艽蟮膽们熬?。

目前在多肽非放射性核素標記中，使用廣泛的仍然是C13，15N，H2，因為其使用安全，放射性小。現在有比較完全的非放射性標記的氨基酸，可以按照正常的多肽合成方法將標記好的氨基酸直接連接到多肽上。