蛋白質組學研究已經進入到定量分析及功能蛋白質組研究階段，穩定同位素標記（stable-isotope labeling, SIL）與LC/MS結合使用來進行蛋白質定量，開辟了定量蛋白質組學的一個新技術平臺。與傳統的定量方法相比，穩定同位素標記技術在定量準確度和規模化定量分析方面都有很大的應用前景。
目前在多肽非放射性核素標記中，使用廣泛的仍然是C13，15N，H2，因為其使用安全，放射性小。現在有比較完全的非放射性標記的氨基酸，可以按照正常的多肽合成方法將標記好的氨基酸直接連接到多肽上。
